Фонд № 1.
Университет
Состав фонда:
1. Документы постоянного хранения 2011-2013 гг. (1955-2010 – сданы в Государственный архив Санкт-Петербурга (ЦГА СПб, ул. Антонова-Овсеенко, д. 1)
2. Документы по личному составу 1955-2014 гг. (приказы, личные дела, лицевые счета, личные карточки, протоколы ГЭК, ГАК, книги регистрации и выдачи дипломов и др.)
Фонд № 2.
Авиационно-транспортный колледж (АТК)
Состав фонда: Документы по личному составу: лицевые счета работников 1972-2001 гг. (до присоединения к университету).
Фонд № 3.
Учебно-тренировочный центр (УТЦ)
Состав фонда:
1. Документы по личному составу (личные дела, лицевые счета, приказы и др.)
2. Документы постоянного хранения (приказы по основной деятельности и др.) – сданы в Государственный архив Санкт-Петербурга
Документы постоянного срока хранения, образующиеся в деятельности Университета, подлежат сдаче в Государственный архив Санкт-Петербурга.